Für die historisch wertvollen Kirchen besonders in Villingen gibt es kein spezielles Notfallkonzept. Das bestätigte nach dem Brand der Pariser Kathedrale Notre-Dame der kommissarische Gesamtkommandant der VS-Feuerwehr, Ralf Hofmann. Solch ein Plan blieb im Anfangsstadium stecken und wurde "nicht fortgesetzt" – möglicherweise aus Kostengründen. Allerdings gab es in den zwei besonders wertvollen Villinger Bauwerken, dem Münster und der Benediktinerkirche, Begehungen und auch Übungen der Feuerwehr. So kennen sich die Feuerwehrleute mit den örtlichen Begebenheiten sehr gut aus. Das Münster liegt auf einem zentralen Platz und ist gut zugänglich. Schwieriger zu schützen ist die Benediktinerkirche. So musste die Feuerwehr bei dem Brand des Münsterzentrums zum Neujahrstag 2009 die Benediktinerkirche besonders sichern. Das sei damals durch eine Riegelstellung geschehen. Die Feuerwehrleute verhinderten erfolgreich ein Übergreifen des Feuers. Brände in Kirchen entstehen meist bei Renovierungsarbeiten – wie mutmaßlich in Paris – oder durch Kurzschlüsse, betonte Hofmann. Es sei auch schwierig, die Bauwerke zusätzlich zu schützen. Brandmeldeanlagen seien vorstellbar. Aber gerade in katholischen Kirchen, wo öfters mit Weihrauch hantiert werde, komme es dann immer wieder zu Fehlalarmen.
Villingen besitzt zwei besonders herausragende Kirchenbauwerke: Das Münster, dessen Ursprungsbau bis ins 12. Jahrhundert zurückgeht, wurde 1284 fertiggestellt. Das möglicherweise wertvollste Kunstwerk ist das 1380 geschaffene Nägelinkreuz, das Schutzkreuz Villingens.
Neben den Altären gehört auch die spätgotische Kanzel zu den Kunstschätzen.
Das ebenfalls sehr kostbare Scheibenkreuz, eine besondere Goldschmiedearbeit des 13. Jahrhunderts, wird außerhalb der Kirche an einem sicheren Ort aufbewahrt.
In Villingen wird auch die Benediktinerkirche zu den historisch besonderen Kirchen gezählt. Dort ist eine Rekonstruktion der Silbermann-Orgel eingebaut. Bemerkenswert ist, dass das Villinger Instrument die erste und bisher wohl einzige Total-Rekonstruktion einer Silbermann-Orgel überhaupt ist. Ab 1812 wurde die Orgel auf Geheiß des Großherzogs von Baden abgebaut und bis 1815 in seiner Residenzstadt Karlsruhe mit zum Teil beträchtlichen Veränderungen entsprechend dem veränderten Zeitgeist wieder aufgebaut. 1944 wurde die Orgel bei einem Bombenangriff zerstört. In den 1990er-Jahren wurden dann Pläne geschmiedet, die einzigartige Orgel rekonstruieren zu lassen, was mithilfe einer Spendenaktion in Form von Patenschaften für jedes Teil des Instrumentes, unter anderem beteiligten sich viele SÜDKURIER-Leser daran, auch gelang. Diese Rekonstruktion wurde wie das untergegangene Original nach und mit den handwerklichen Methoden des 18. Jahrhunderts, so wie es Johann Andreas Silbermann in seinen Tagebüchern beschrieben hat, gefertigt.
